Mit einer Verfahrensdauer von mindestens ein bis drei Jahren bis zu einer Sachentscheidung muss gerechnet werden. In Fällen, wenn die Beschwerde offensichtlich unzulässig ist, wird der Beschwerdeführer innerhalb einigen Wochen bzw. Monaten eine Mitteilung über die Zurückweisung seiner Beschwerde erhalten.
Das Verfahren wird in der Regel dadurch beendet, dass das Human Rights Committee die Beschwerde entweder für unzulässig erklärt oder – im Falle ihrer Zulässigkeit – in sog. Auffassungen („Views“) feststellt, ob eine Verletzung eines oder mehrerer Paktrechte durch den betreffenden Vertragsstaat vorliegt oder nicht. Soweit eine Paktverletzung festgestellt wurde, schließt sich ein sog. Umsetzungskontrollverfahren (Follow-up-Verfahren) an.

Das Fakultativprotokoll sieht - anders als z.B. Art. 38 und Art. 39 EMRK - kein Verfahren der gütlichen Streitbeilegung (friendly settlement) vor. Dies schließt jedoch eine gütliche Einigung der Parteien außerhalb des Verfahrens und eine darauf beruhende Rücknahme der Beschwerde durch den Beschwerdeführer nicht aus. Wurde die Rücknahme allerdings durch Druck erzwungen, kann das Human Rights Committee die Beschwerde auch weiterhin behandeln. Darin liegt auch ein Unterschied zu dem Verfahren beim EGMR, wonach der Gerichtshof die Beschwerde aus dem Register streichen kann, wenn der Beschwerdeführer der gütlichen Einigung nicht zustimmt.